SCI期刊分區影響較為廣泛的有兩種：一種是科睿唯安公司制定的分區即JCR分區;另一種是中國科學院國家科學圖書館世界科學前沿分析中心制定的分區(簡稱中科院分區)。那么學校按JCR分區還是中科院分區?多數高校是認可中科院分區，也有一些高校按JCR分區計分。

　　整體來看JCR分區和中科院分區兩種方式都比較權威，中科院分區還設置了期刊預警名單，綜合考慮了國內外的學術發展現狀，因而被更多的機構作為科研評價的指標，國內大部分的高校畢業要求，獎學金評選，以及科研單位的科研業績獎勵，職稱評審等，多是按照中科院分區進行加權計算。

　　但是也有少部分高校表示要與國際接軌，統一將使用JCR分區作為學科建設，科研獎勵，授予學位成果等方面的評判標準，不再認可中科院的期刊分區，因此選擇哪種分區方法，還是要看自己所在高校和科研機構的認可情況。

　　例如華南理工大學前兩年就宣布要完成兩種分區標準的過渡，在文件中寫道：根據SCI期刊分區表對SCI論文進行評價是當前國內外高校和科研機構普遍采用的模式。其中，JCR分區由于期刊范圍大、分區穩定性高、學科契合度強等特點，得到越來越多高校的認可，已成為國際通行的主流分區標準。

　　為更好地與國際接軌，科學合理的評價學科學術水平，加快推動學校“雙一流”建設，在充分調研和征求意見的基礎上，經學校研究決定，在學科建設、職稱評審、科技獎勵、授予學位成果要求等方面統一采用科睿唯安SCI期刊分區標準，不再使用中科院的SCI期刊分區標準。請各學院、相關部門及時做好有關政策文件的調整與修訂工作，在2019年12月底前完成兩種分區標準的過渡。

　　SCI期刊學科分類存在差異，JCR分區按照小類的專業劃分，共有176個，而中科院SCI分區是基于JCR分區，將176個小類專業進行合并，兩個分區是各有優勢的，作者發表sci論文選擇分區還是要按照自己學校的要求來定，這樣發表的論文才能派上用場。